第二次國土利用調查土地使用分類系統整體為層級式樹狀結構，共分為3級。第一級共分為9大類，第二級就第一級之劃分再細分41類、第三級則就第二級之架構再分為稻作等103類，均分別給予編碼並闡明第三級分類項目之說明。（詳見連結1至連結9） 編碼方式主要依循民國82年(第一次國土利用調查)土地使用分類系統之阿拉伯數字編碼，第一級分類項目給予2碼，編碼自01開始，第二級及第三級分類項目亦給予2碼；第二級及第三級分類項目代碼以尾數「0」代表與上1層級之類別相同。第一級9大類別分別為：
01、農業使用土地 | 02、森林使用土地 | 03、交通使用土地 | 04、水利使用土地 | 05、建築使用土地 | 06、公共使用土地 | 07、遊憩使用土地 | 08、礦鹽使用土地 | 09、其他使用土地